Santa Fe y los otros sobrevivientes sufrieron grandes dificultades. Aranjuez, Desamparados y Liceo de Costa Rica, entre otros. De vuelta en Costa Rica, el Saprissa ganó los Torneos de Verano e Invierno 2008 disputando la final ante la Liga Deportiva Alajuelense en ambos torneos y logrando con esto el pentacampeonato nacional, así como sus títulos números 27 y 28 en el fútbol nacional. Durante la gestión de Jorge Vergara el Deportivo Saprissa obtuvo grandes y destacados logros tanto a nivel nacional como internacional, siendo este nombrado el Equipo del Siglo XX de la Concacaf por encima de grandes equipos de México, Estados Unidos, Honduras, Guatemala y demás.
En este lapso logró once títulos en categoría infantil, nueve en la juvenil y dos series invicto en El Salvador y Costa Rica. Los problemas surgidos antes de la gira fueron difíciles de superar, entre ellos convencer a las federaciones de Europa, Asia y Oceanía de las bondades del fútbol de Costa Rica. En esta gira mundial de 74 días el Deportivo Saprissa visitó 38 lugares de 25 naciones, estuvo en 35 aeropuertos, recorrió 59.055 kilómetros para 146.35 horas de vuelo. Según varios informes, el Bayern pagó a Leipzig 25 millones de euros, un récord mundial para un entrenador, como compensación por los servicios de Nagelsmann.
En los primeros años de esta década solo fue campeón nacional en 1982 y a nivel internacional se proclamó campeón de la Copa Camel en 1985. Saprissa vuelve a retomar el protagonismo a finales de los años ochentas obtuvo el bicampeonato en 1988 y 1989; y para la década de los años noventas ganaron siete títulos (internacionales y nacionales): ganó la Copa de Campeones de Concacaf en dos ocasiones en 1993 y 1995, uno del torneo Grandes de Centroamérica en 1998 y cuatro campeonatos nacionales en las temporadas 1993-94, 1994-95, 1997-98 y 1998-99. En los dos últimos campeonatos de la década marcó más de 100 anotaciones (101 goles en la campaña 1997-98 y estableció el récord de más anotaciones en una sola temporada con 108 goles en el torneo 1998-99). Por los logros anteriores fue declarado el Equipo del Siglo XX en Costa Rica por la prensa nacional.
Durante esta época el Deportivo Saprissa logró siete campeonatos nacionales (fue pentacampeón desde el 2006 hasta el 2008), un subcampeonato nacional en 2003; un torneo de la Copa de Campeones de la Concacaf en 2005, dos subcampeonatos en las ediciones 2004 y 2008; un torneo de Copa Interclubes de la UNCAF en 2003, dos subcampeonatos en las ediciones 2004 y 2007 y por último un tercer lugar en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA en 2005. Siendo esta una época dorada para el cuadro morado.
Durante la campaña 2004-05 el cuadro morado no tuvo ningún éxito local, dado que en este torneo perdería ambas finales (Apertura y Clausura) del campeonato nacional; además de perder la Copa Interclubes UNCAF 2004 ante el Municipal de Guatemala, logrando un subcampeonato. A nivel internacional el equipo obtuvo el subcampeonato de la Copa Interclubes UNCAF 2007 al perder la final ante el Motagua de Honduras; posteriormente en el año 2008 el Deportivo Saprissa participó nuevamente en una edición de la Copa de Campeones de la Concacaf del mes de marzo a abril, el cuadro morado se abrió paso a la final dejando en cuartos de final al Atlante de México con global de 4-2, así como en semifinales al Houston Dynamo de Estados Unidos con global de 3-0, disputando así otra vez en su historia una final de Copa de Campeones de la Concacaf ante el Pachuca de México, en la final el cuadro morado disputó un encuentro muy cerrado ante el club mexicano cayendo derrotado ante este por un global de 3-2 a favor del Pachuca, perdiendo así la posibilidad de ir nuevamente al Mundial de Clubes de la FIFA, siendo esto un duro golpe para los morados, agregado a esto el Saprissa como subcampeón del torneo no recibió la invitación a la Copa Sudamericana como generalmente lo recibía el subcampeón del torneo.
Además los éxitos del cuadro morado continuaron dado que el equipo se consagró campeón de la Copa Interclubes UNCAF 2003, con un triunfo de 3-2 ante Comunicaciones de Guatemala en el LA Memorial Coliseum de Los Ángeles, California. Una de las épocas de más éxitos del conjunto morado comienza en marzo de 2003 cuando el empresario mexicano Jorge Vergara, tienda de camisetas de futbol antiguas compró el club. Durante los años ochentas el equipo vivió una etapa de cambio, Ricardo Saprissa se alejó de la junta directiva luego de una gestión de 32 años como presidente, y a nivel deportivo los éxitos fueron menos en comparación con los años anteriores.
Gracias a la dirección técnica de José Joaquín «Pachico» García, los «morados» como ya se les denominaba desde su época en ligas menores, ganaron de forma invicta el campeonato nacional de Tercera División de 1947 (jugó 22 partidos y los ganó todos, marcó 116 goles y recibió únicamente 13); dejando en el camino a equipos como: Colegio Los Ángeles, C.S. En 1957 obtuvo el título de campeón nacional por tercera vez, además ganó el torneo relámpago efectuado ese año. En aquella época de gloria destacaban en el fútbol en Costa Rica grandes clubes, y es por eso que durante la década de los 50’s, el Deportivo Saprissa mantiene una segunda y tercera división disputando esas ligas federadas.
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