Fue entonces denominado Club Municipal de Deportes, convirtiéndose así en el equipo oficial de la ciudad de Bogotá y recibiendo el escudo (el actual) y los colores (en esa época, Blanco y Negro) oficiales de la ciudad. Este uniforme es el actual, solo con el cambio al juego siguiente sugerido por el dirigente Manuel Briceño Pardo, de cambiar la pantaloneta a color blanco y las medias a color azul (debido a su vinculación con el Partido Conservador Colombiano) y establecerlo definitivamente como su uniforme oficial, lo cual se afianzó aún más años después con los colores usados por Santa Fe (referentes al Partido Liberal Colombiano). Cuando se creó la Football Association en 1863, junto a la creación del deporte, se eligió el nombre de fútbol asociación (association football en inglés) para este nuevo juego. En ese juego estrenaron uniforme azul y medias grises, copiado del que usaba el equipo argentino Tigre, que venía de ser portada de la Revista El Gráfico y equipo del cual Fernando Paternoster era hincha.
Los primeros partidos del equipo se jugaron en los terrenos de la finca «La Merced» del Colegio en ese entonces, donde hoy queda el Colegio San Bartolomé la Merced, y el barrio La Merced. Colegio Mayor de San Bartolomé (Carrera Séptima con Calle 9), en el Centro Histórico de Bogotá, a la que asistieron los hinchas más fieles que ya tenía el Deportivo Municipal (unas 200 personas), bajo escritura pública número 2.047 de la notaría tercera del circuito de Bogotá. En 1937 un grupo de estudiantes del Colegio Mayor de San Bartolomé ubicado en el Centro Histórico de Bogotá, decidieron formar un equipo de fútbol, con el objetivo de enfrentarse a los equipos de otros sectores de la ciudad. El centro de formación del Bayern de Múnich, donde puedo comprar camisetas de futbol es un complejo deportivo ubicado en la ciudad de Múnich.
El 28 de enero de 1939 (ya con el agregado de «Independiente» en el nombre para aclarar su desvinculación del Municipio), debutan los tres argentinos ante la Selección de Antioquia a la que vencen por (5:4) con goles de Lucífero en tres ocasiones, Carvajal y «Nacho» Izquierdo, en lo que fue todo un espectáculo para el fútbol de la ciudad pues era la primera vez que un equipo de Bogotá (y del país) formaba con jugadores extranjeros.
El 13 de agosto de 1939, en reunión en el Café «El Gato Negro» (calle 16 con carrera octava) denominaron oficialmente el equipo como «Los Millonarios», como parte de un agregado en su nombre (tal como figura en las plaquetas de conmemoración de ese día), en una especie de relanzamiento y refundación del club, que tuvo lugar en esa fecha, cuando golearon por 6-0 al Deportivo Barranquilla, con goles de Luis Timón (1-0 «en franco offside», y 5-0), Martínez, Ruiz Díaz, Zapata y autogol de López. Liga de fútbol de Cundinamarca, logrando en ese mismo año el título y el ascenso a la primera categoría, en la que participó de 1941 a 1945 en la que consiguió cuatro títulos (1941, 1943, 1944 y 1945) y un tercer lugar (1942), haciéndolo el equipo más ganador de la época amateur, antes del inicio del profesionalismo colombiano. ↑ El Colombiano. «Selección Colombia sub-20 ganó Torneo Cuatro Naciones en Chile».
Ha sido incluido en listas sobre los mejores clubes de fútbol de todos los tiempos elaboradas por importantes medios deportivos internacionales, siendo el único equipo colombiano presente en ellas. Es uno de los clubes más laureados y emblemáticos de Colombia, de allí que sea considerada una de las entidades deportivas más grandes del país y una de las más importantes de Sudamérica. Luego del establecimiento del club como una sociedad deportiva, mediando el año 1946, los tres principales clubes de fútbol de la ciudad (Millonarios, Santa Fe y Universidad) deciden retirarse de los torneos departamentales de Liga (que a su vez entran en decadencia), al considerar que ya se encontraban en un nivel superior y que se debía buscar el profesionalismo del deporte, dedicándose casi que exclusivamente a organizar sus propios eventos, con juegos entre ellos, contra equipos de otras regiones del país y partidos internacionales, esto empezó a causar la molestia de quienes controlaban el fútbol del país en esa época y no querían la profesionalización.
Este encuentro fue de lejos el partido más importante del país, considerado el «Súper Clásico de Colombia» durante las décadas de los 60s y 70s. En 1980, la crisis económica de Millonarios, la sequía de títulos de los azucareros, la consolidación de Atlético Nacional y la aparición de América de Cali como rival de ambos equipos, fueron los causantes de la decadencia de este clásico. Así Camacho Montoya afirmó: «Los argentinos son muy exigentes, van a cobrar tanto y tanto, este es un club de millonarios, camisetas de futbol baratas españa los Municipalistas ahora son millonarios». Nike anuncio una nueva camiseta este año. Los resultados fueron: con Junior 1-2 y 2-1; con Cortuluá 4-3 y 3-2; y con el Deportivo Pasto 3-2 y 0-1; y así llegó a la final del Finalización ante el DIM. El primer partido quedó 0-0 y el segundo lo ganó Nacional 1-0. La final del año se disputó frente al América de Cali por ser este el ganador del Torneo Apertura.